В начале 1550-х годов были проведены земская и губная (начата правительством Елены Глинской) реформы, перераспределившая часть полномочий наместников и волостелей, в том числе судебных, в пользу выборных представителей черносошного крестьянства и дворянства.
В 1550 году «избранная тысяча» московских дворян получила поместья в пределах 60—70 км от Москвы, и было образовано пешее полурегулярное стрелецкое войско, вооружённое огнестрельным оружием. В 1555—1556 годах Иван IV отменил кормления и принял Уложение о службе. Вотчинники стали обязаны оснащать и приводить воинов в зависимости от размера земельных владений наравне с помещиками.
При Иване Грозном была сформирована система приказов: Челобитный, Посольский, Поместный, Стрелецкий, Пушкарский, Бронный, Разбойный, Печатный, Сокольничий, Земские приказы, а также четверти: Галицкая, Устюжская, Новая, Казанский приказ. В функции Посольского приказа с 1551 года[46] (72 глава Стоглава «Об искуплении пленных») царём было добавлено осуществление выкупа из Орды пленных подданных (для этого собирался специальный земельный налог — «полоняничные деньги»[47]).
В начале 1560-х годов Иван Васильевич произвёл знаковую реформу государственной сфрагистики. С этого момента в России появляется устойчивый тип государственной печати. Впервые на груди древнего двуглавого орла появляется всадник — герб князей Рюрикова дома, изображавшийся до того отдельно, и всегда с лицевой стороны государственной печати, в то время как изображение орла помещалось на оборотной. Новая печать скрепила договор с Датским королевством от 7 апреля 1562 года[48].
Стоглавый собор 1551 года, на котором царь опираясь на нестяжателей надеялся провести секуляризацию церковных земель, заседал с января-февраля по май. Церковь была вынуждена ответить на 37 вопросов молодого царя (из которых часть обличала беспорядки в святительстве и монастырском управлении, а также в монастырской жизни) и принять компромиссный сборник решений Стоглав, который регулировал церковные вопросы
При Иване Грозном был запрещён въезд на территорию России еврейских купцов. Когда же в 1550 году польский король Сигизмунд-Август потребовал, чтоб им был дозволен свободный въезд в Россию, Иоанн отказал в таких словах: «в свои государства Жидом никак ездити не велети, занеже в своих государствах лиха никакого видети не хотим, а хотим того, чтобы Бог дал в моих государствах люди мои были в тишине безо всякого смущенья. И ты бы, брат наш, вперёд о Жидех к нам не писал», поскольку они русских людей «от христианства отводили, и отравные зелья в наши земли привозили и пакости многие людям нашим делали».
