Осенью 1902 года Гапона познакомили с начальником Особого отдела Департамента полиции Сергеем Зубатовым. Зубатов занимался созданием подконтрольных полиции рабочих союзов, и Гапону было предложено принять участие в этой работе. Цель Зубатова состояла в том, чтобы созданием легальных рабочих организаций парализовать влияние, оказываемое на рабочих революционной пропагандой.
Гапон пользовался покровительством петербургского градоначальника Николая Клейгельса, у которого был на хорошем счету и считался своим человеком[. По инициативе градоначальника Гапону было поручено изучить взгляды Зубатова на рабочий вопрос и постановку дела в зубатовских организациях.
По итогам этой поездки Гапон написал доклад, копии которого были поданы градоначальнику Клейгельсу, митрополиту Антонию и самому Зубатову. Доклад Гапона был сочувственно встречен в министерстве внутренних дел, и 15 февраля 1904 года новый устав общества был утверждён заместителем министра Петром Дурново
После отставки Зубатова Департамент полиции поддерживал отношения с Гапоном через посредство Евстратия Медникова, который не мог иметь на него никакого влияния[17]. В то же время Гапон пользовался поддержкой директора Департамента полиции Лопухина и нового градоначальника Ивана Фуллона[16]. Ни тот, ни другой не разбирались в рабочем вопросе, но полностью доверяли Гапону как человеку с хорошими рекомендациями. С Фуллоном Гапону даже удалось установить дружеские отношения, что сильно помогло ему в дальнейшей работе[. Вся информация о деятельности гапоновского общества поступала в министерство внутренних дел через градоначальника Фуллона, последний же, в свою очередь, получал её непосредственно от Гапона. Фуллон неоднократно сообщал министру о том, что Собрание является «твёрдым оплотом против проникновения в рабочую среду превратных социалистических учений
Л. Г. Дейч. Священник Георгий Гапон // Л. Г. Дейч. Провокаторы и террор. — Тула, 1926. — С. 40—80.